編者按：從《新疆基督教史——兼地區簡史》中﹐細心的讀者可以看到基督教由西向東﹐最終傳播到東亞的 "足跡"﹐是對 "中國基督教史" 非常寶貴的補充。作者以嚴謹的史學論述方式附有大量詳細腳註﹐由於篇幅所限在此不得不予省略﹐需要作深度研究的讀者可去原文網址查核: 中國基督教理學協會(www.ccta2009.org/2012/08/blog-post.html)。
4、伊斯蘭教在新疆地區的傳播 （接續前期）
在喀喇汗國中，統治者回鶻人只佔很小的比例，並且逐漸與當地印歐人融合。在成為伊斯蘭教王國之後，西回鶻人的民族意識變得淡薄。就不再自稱回鶻，而自稱 "鐵勒"，即 "突厥"﹔並且在皈依伊斯蘭教之後，開始敵視信奉景教、摩尼教和佛教的高昌回鶻同胞。[377]
公元 1017 年，喀喇汗國開始發動針對自己原來的同胞——高昌回鶻（吐魯番）的聖戰。但是，1041 年喀喇汗國內部分裂成為東、西兩國，於是聖戰停止。[378] 高昌回鶻仍然堅立。前面提到過，到了 12 世紀上葉，高昌回鶻和喀喇汗國相繼被西遼（1130-1218 年）所征服。盡管西遼統治者原來信奉佛教，逃亡到新疆中亞後極可能皈依了景教，但是採取宗教寬容政策。於是，伊斯蘭教被迫進入和平傳教時期。伊斯蘭教以喀什噶爾為中心，沿著塔里木盆地的兩側東南和東北方向，繼續傳播，但是，高昌回鶻的景教—摩尼教—佛教勢力仍然阻擋著伊斯蘭教的東擴。到了 13 世紀，伊斯蘭教開始傳播到天山以北的北疆地區。
西遼末期，其統治者開始對伊斯蘭教進行嚴厲鎮壓。之後，蒙古帝國（1206-1368 年）成吉思汗的西征，於 1209 年接受了高昌回鶻的主動稱臣，接著擊敗西遼，開始統治整個新疆地區。蒙古人的統治者採取宗教寬容政策。1227 年，成吉思汗的二兒子察合台分到了天山南北以及西部的廣大中亞地區，建立察合台汗國。察合台於 1242 年（宋淳祐二年）去世。
[379] 1347 年（元惠宗至正七年），南疆地區的蒙古大家族禿黑魯·帖木兒（1347-1363）在阿克蘇稱汗，察合台汗國分成東西兩國。禿黑魯·帖木兒統治東察合台汗國，控制天山南北地區，即今新疆范圍。這時候，西察合台汗國已經伊斯蘭化。1350 年，察合台的皇室杜格拉特家族（Dughlats）的長子，統治喀什噶爾的突力克（Tulik）親王（emir, ulus-begi），皈依伊斯蘭教。1353 年，當作為蒙古可汗的禿黑魯·帖木兒接受伊斯蘭教後，在阿力麻里（今伊犁地區霍城縣東）帶領 16 萬部下集體皈依伊斯蘭教，並在統治范圍內開始武力傳教。
這是新疆地區歷史中第二次的伊斯蘭武力傳教。1355 年，禿黑魯·帖木兒汗的伊斯蘭軍隊在龜茲（庫車）將佛教勢力消滅，當地居民全部改信伊斯蘭教﹔1000 多年的龜茲佛教文化滅亡。[380] 1392 年，東察合台汗國向佛教的最後堡壘高昌回鶻發動了聖戰，伊斯蘭軍隊終於佔領高昌（吐魯番）。[381] 自此，佛教在新疆的三大盛地，於闐（和田）、龜茲（庫車）和高昌（吐魯番）全部被伊斯蘭勢力所剿滅。[382] 一同消亡的還有景教和摩尼教。
1407—1415 年，東察合台汗王馬哈麻是個狂熱的穆斯林，以殘酷手段推行伊斯蘭教。例如，如果蒙古人不纏頭巾，就可能遭到腦袋裡釘入馬蹄鐵釘而死的懲罰。[383]
吐魯番的一座主要的清真寺，出自 Michael Dillon的China's Muslims 第 24-25 頁之間的插圖）
東察合台汗國期間，是伊斯蘭教在新疆全面本土化的時期。因此，是蒙古人最終實現了新疆地區的全面伊斯蘭教化。確切地說，是蒙古人完成了伊斯蘭教在突厥人當中的本地化，但是，卻沒有在蒙古人當中成功本地化。這就是為什麼到了 18 世紀，新疆地區的蒙古人又皈依了西藏喇嘛佛教。
1529 年 [384] ， 經過一個多世紀的爭斗較量，中國明朝的勢力最終退出東疆的哈密，伊斯蘭教隨之佔領哈密。前面提到過，在這個時期，由於信奉喇嘛黃教的瓦刺人（瓦剌人、西蒙古人、衛拉特人）被迫西遷，進入新疆佔領准噶爾盆地，建立准噶爾帝國，因此新疆北部地區喇嘛黃教有很強的勢力，不過基本上是局限於蒙古人當中。盡管如此，伊斯蘭教從公元 910 年正式進入新疆，經過 619 年的時間，已經成為新疆佔據統治地位的宗教。雖然在 1678-1681 年，准噶爾帝國佔領了新疆南部喀什噶爾、吐魯番、哈密等地，但是在中國清朝時期（1644-1911 年），新疆的伊斯蘭教已經根深蒂固。[385] 1759 年，清朝乾隆年間滿族統治下的中國消滅准噶爾蒙古人，將新疆突厥民族從蒙古人的統治下解放出來，無意中也避免了同是政教合一的西藏喇嘛黃教對新疆突厥穆斯林的精神征服。
（在新疆發現的中國明朝時期的《古蘭經》，出自 Michael Dillon的China's Muslims 第 24-25 頁之間的插圖）
和其它伊斯蘭世界一樣，新疆的伊斯蘭教分為遜尼派和什葉派，其中遜尼派是官方教派，人數居多。另外，伊斯蘭的神秘主義宗派--蘇非派在新疆也非常活躍，開始於喀喇汗國時期，元末明初形成勢力，在 17 世紀深刻影響了喀什地區的政教格局。[386] 1990 年中期，在南疆地區，發源於 18 世紀中葉沙特阿拉伯的伊斯蘭教的一種極端教派——瓦哈比派，開始流行。新疆政府發現，和田（古於闐）有大量瓦哈比派的阿訇，因此感到很擔憂。[387]
[377] 同上，第48页。
[378] 厉声主编：《中国新疆历史与现状》，第104页。
[379] 本段参考同上，第55-56，105页。
[380] 同上，第105页。
[381] 同上。
[382] 丁宏、张国杰编著：《百年中国穆斯林》，第202-203页。
[383] 厉声主编：《中国新疆历史与现状》，第56-57页。
[384] 同上，第105页。
[385] 丁宏、张国杰编著：《百年中国穆斯林》，第203页。
[386] 厉声主编：《中国新疆历史与现状》，第106页。
[387] Gardner Bovingdon, Autonomy in Xinjiang:, 第36页。