在西元二世紀末，在羅馬帝國，大的諾斯底教派已經不復存在了。在西元三世紀初，在美索不達米亞（巴比倫，今伊拉克）一個世界性的諾斯底宗教運動開始了。這宗教運動是由摩尼（Mani）創立的，叫摩尼教。
關於摩尼生活年代，現沒有準確的記載。有一位教會歷史家說，摩尼可能出生在西元２１６年４月１４日。他的父親參加過諾斯底派教會，所以他也介紹摩尼加入。摩尼成年後，他與原來的教團分裂，建立了自己的第一個教團，開始在伊朗內外傳播他的信仰。他也把信使派到西方，及羅馬各省。摩尼在２４１年坐船到印度傳教，一年後回到巴比倫，他去向當時的薩珊王朝的沙波爾統治者致敬，於是他從王朝得到幫助，他一度成了王室的隨從人員。國王有兩個兄弟成了他的追隨者，現在已沒有人能阻礙他擴展他的教義。但是，到了瓦拉姆一世（274-277）作王的時候，有"智慧人"(Magi)等級的頭目卡特（Kartir），改革傳統的波斯二元論宗教—瑣羅亞斯德教，這個二元論宗教恰恰是摩尼所信奉的，於是，卡特把摩尼當成了主要敵人。在２７６年春天，摩尼被抓進監獄，不久就死在監獄裡，死後他被肢解扔到城外。
在西元７世紀，摩尼的追隨者到達中國，他們是從俄羅斯土爾其斯坦（Turkestan）進來的，然後沿著絲綢之路來到中原。第一批摩尼教門徒在西元694年出現在中國朝廷中。那時是唐朝武則天延載元年，中國史書上記載有個叫拂多誕的摩尼教領袖到達長安，在漢族地區傳教，也在新疆地區傳教。到了唐肅宗寶應元年（762），摩尼教被定為國教。在唐代宗大曆三年（768），皇帝下令在長安建立摩尼教大雲光明寺，又在江南，河南和太原建立寺廟。唐武宗會昌五年（８４５），在消滅佛教時，聶斯托利的景教和摩尼教都受到嚴重打擊，並轉成秘密宗教。摩尼教在五代時稱為明教，宋朝時稱為魔教，也叫"吃菜事魔"；明朝時稱為明教、末尼教。在中國南方，摩尼教一直保存到１７世紀，也影響到西藏。在二十世紀初，在中國敦煌莫高窟石室發現了《摩尼教殘經一》，據說是摩尼的信使獻給武則天皇后的。從這部殘經，能看出摩尼教教義的基本輪廓。
摩尼教是調和宗教，摩尼自認為他有一種體系，自稱是"神的智慧"，它是一種調和宗教思想，也是一種哲學體系，把宗教、哲學，及科學的各種知識混合在一起，他特別注意到東方的宗教傳統，他是想建立一個靈活可變的，能適應各種傳統文化的普世宗教，這也是今天敵基督者所探索的道路。摩尼的打算是一種試探，他自己所追求的，正是聖經上講的"不法之人"。聖經上說：在末後的日子到來之前，將要有"大罪人，就是沉淪之子，顯露出來。他是抵擋主，高抬自己超過一切稱為"神"的，和一切受人敬拜的，甚至坐在神的殿裡，自稱是神"（帖後２章），只是因為神不允許，所以摩尼的這種試探不能得逞。聖經上講的這個"大罪人"就是末世的敵基督，他為了自稱為神，就要建立一個普世宗教，讓世人都拜他，並且他要掌握世界上的經濟政治大權，魔鬼撒但就是這個大罪人的後台。
可見，從摩尼那時候已經作過這樣的試探，今天的新時代運動也在作這樣的試探。摩尼曾對他的教團說："我們的宗教要超過所有宗教。我們的宗教要走到所有的城市，我們的信息要傳到各地。"所以，凡是一種以調和宗教面目出現的普世的宗教運動，我們都要注意它的抵擋基督教的性質，要認清他們自稱為"神"的詭計，千萬不要趨炎附勢，背離我們的救主。
摩尼教的體系也是基於一種二元論，他的二元論是說，在起初就有光明世界和黑暗世界的對立，或者善和惡的對立，並不是從一個源頭來的。這種理論和其他諾斯底教派有區別，它更接近波斯的二元論，但是他的福音理論體系，更像一種神話，這可能是為了它更容易被傳開。
他說，有一個"光明王國"，它坐落在北邊，它的王叫"偉大的父"，或者簡單地叫"神"。它有五種屬靈特點，也叫五個"世界"，包括：理性(reason)、思想(thinking)、洞見(insight)、辨析(speculation)、反省(reflection)。這五個世界都是指精神方面的，不是物質的。他還說，另有一個黑暗國度，是物質的，它坐落在南方，也包括五個世界：煙（smoke）、火(fire)、西洛可風(Sirocco，從炎熱乾旱地區吹來的風)、水(water)、黑暗(darkness)。每一種由魔鬼們（他們認為魔鬼有很多。聖經上講的魔鬼和他所說的不同，魔鬼撒但只是一個，在它下面的叫鬼，不叫魔鬼。）散布，並有一個黑暗執政者（archon，摩尼也叫它們魔鬼）統治。黑暗國度也有一個"王"。當黑暗來到光明王國的邊界上的時候，黑暗就充滿了嫉妒，於是開始與光明爭戰。
德國柏林博物館保存著摩尼留下的教導他門徒們的文獻，叫《開法拉亞》（Kephalaia），還有中國保存的《摩尼教殘經一》，都顯明摩尼的二元論不僅指宇宙大範圍內光明與黑暗的爭戰，而且也指一個人靈魂和肉體的爭戰。有的學者說成"大宇宙"的爭戰，和"小宇宙"的爭戰。
這個爭戰分成三個戰役，中國學者用"三際"這個詞，意思是"過去"、"現在"和"將來"三個時期。英文譯本是叫三次"喚起"（evocation），是講在光明與黑暗的爭戰中，"光明之神"所作的抵抗工作。這裡，實際上是講人裡邊"光明"和"黑暗"的爭戰。
人是怎樣被造的？摩尼說：先是"光明之神"生出"智慧"（Wisdom, Sophia）；然後從"智慧"又生出"生活之母"（Mother of the living）；再由"生活之母"又生出"原初人"（Urmensch，伊朗文是：Ohrmazd）。這個"原初人"用五種光明因素裝備，這五種因素也叫他的"外袍"，它們包括：火、風、水，光和乙太（ether，氣）。這五種因素合起來叫"活魂"（Living Soul），是屬於光明的。那麼，物質因素怎麼能有光明與黑暗之分？物質的因素，怎麼能成為"活魂"？連他們自己也不能解釋。如果說"物質"也可分為"光明"和"黑暗"，那無非是為了把問題的源頭都歸到創造萬有的耶和華神身上。
摩尼的二元論出現在"原初人"的身上，不只是有物質的身體，他們說這身體是魔鬼黑暗的特徵，而且他們認為也有屬光明的五種因素，所以人的"活魂"和人的身體會彼此爭戰。這是摩尼教福音理論的基礎，就是人有黑暗也有光明。這個理論是和《聖經》上關於罪的真理相違背的。我們相信，人得救是受聖感動的結果，正像聖經上說的："若不是被聖靈感動的，也沒有能說'耶穌是主'的。"（林前１２：３）而不是因為人生來有聖潔的因素，神的拯救從來不借用這些人原有的東西，而是神要重新造一個新人，是要把一顆新心放在人的裡邊。我們講因信稱義，其實連"信"也是從神的恩典來的，如果沒有神的恩典，人根本不會信。正如聖經上說的："你們得救是本乎恩，也因著信—這並不是出於自己，乃是神所賜的。"（弗２：８）所以，連信都是神所賜的，並不是出於自己。
下面我們簡單說一下摩尼所說的三次爭戰的情況:
這個"原初人"第一次下去和黑暗爭戰，結果被打敗，這"原初人"和他五種光明因素就留在了下方世界，這是說"原初人"被各種物質現象所迷惑，"忘記"了他具有的五種"光明因素"。由於"忘記"是每個人的問題，所以"拯救"是要先通過"呼叫"把人叫醒（另一說法是這五種因素被魔鬼吞噬了，所以，魔鬼身上也有了光明因素。）。人處在"忘記"或"沉睡"的狀態，大概就是摩尼所指的人未得拯救之前的狀態。這就是說，人"忘記"了自己身上的"光明因素"。
第二次爭戰，"光明之神"為了拯救"原初人"就作成了"偉大的建築師"和"活靈"（living spirit,波斯文是Mithra），這"活靈"也有五個"兒子"或叫"眾神"（gods）。"活靈"就用"呼叫"（call）去喚醒下方的"原初人"，然後"原初人"作了"回答"（"呼叫"和"回答"加在一起叫"生命的思想"thought of life），這時"活靈"開始作拯救，結果把"原初人"帶了上來。這個拯救，是摩尼擬定的後來拯救所有人的一種模式，這個模式就是"呼叫"和"回答"，"活靈"的"呼叫"像是把一個沉睡的人叫醒。那麼，為什麼人能被叫醒，是因為人裡邊有他們說的光明因素，只不過是被人"忘記"了。他們認為，當人拋棄"忘記"，甦醒過來以後，這就是被拯救了。摩尼教的所謂拯救，與基督和祂的十字架無關。
第三次"喚起"中，主要的角色是"第三使者"，或者叫"光明國之神"，他做了兩件事：１，他造了一個"榮耀柱"，也叫"完全人"（作為"原初人"恢復以後的模式），是摩尼教的神，人的靈魂要通過它到達月亮、太陽，最後返回光明王國。在銀河那裡，他能夠被看見。所有在"榮耀柱"上被釋放的光粒子，升到月亮上，聚集起來就成了圓月，但是在光粒子被送到太陽上去以後，月亮就倒空了自己成了新月。２，這個"第三使者"為了剝奪黑暗權勢者收到的光明因素，就用性誘惑的方法，讓黑暗執政者把體內的光明粒子噴射到地上，於是就有了樹木，蔬菜等各種植物。又有了各種動物。所以，摩尼說，世上的動植物都有光粒子包含在其中，但植物中的光粒子比動物多，所以要多吃瓜果蔬菜，增加光粒子。因此，中國人管摩尼教叫"吃菜事魔"。
這樣，黑暗害怕最後完全失去了光明粒子，就設法和"第三使者"對立，於是黑暗挑選了兩個魔鬼，生出來第一對人叫亞當和夏娃，並把光明粒子保存在亞當夏娃身上。所以，摩尼認為人的肉體是從黑暗物質來的，而靈魂卻由光明粒子組成。但是人的身體是監禁五種光明因素的牢獄。所以，光明和黑暗爭戰的最後結果，仍是光明與黑暗的混合在一起，光明並沒有最後得勝。光明最後得勝的時刻，就是人不再有身體的時候—死亡。這個結論和佛教的涅槃說幾乎完全相同。
對摩尼來說，救贖的工作主要是通過知識使靈魂甦醒，因而需要光明的信使，而且他們僅僅傳達一個信息，就是摩尼教的教義。一些聖經上的和聖經以外的人物，被摩尼稱為"光明使徒"（apostles of light），因而是摩尼的先驅者，這些"光明使徒"是塞特、挪亞、以挪士（塞特之子，創４：２６）、以諾（該隱的長子）、閃（挪亞的長子）、亞伯拉罕、佛、瑣羅亞斯德，也有耶穌和保羅。摩尼被說成是完美的，是最後一代的使徒，是預言的彌賽亞並帶來一切宗教的圓滿（指各種宗教最終的調和）。所以，他的教團把他看成"救贖者"、"啟示者"、靈魂的"醫生"，甚至當成"神"。這就表明了摩尼妄想登上神的寶座的狂傲心態。
在摩尼的福音理論中，耶穌基督被分成兩個獨立的位格，正像在諾斯底主義中常常發生的情況，"耶穌的光輝"是作為天上的啟示人物，地上的耶穌被看成是光明的信使，他根據天上的"耶穌的光輝"的命令行動。這就把道和肉身完全分開，分成了"天上的基督"和"地上的耶穌"，直到現在，這種理論仍然是一種流行的異端，為的是否定主耶穌基督是道成肉身來的。
摩尼教用三次爭戰，來反對和否定主耶穌基督十字架寶血的救贖。他們拯救理論的根據，是講人裡邊有所謂光明因素，他們拯救的方法，是要把人喚醒，不再"忘記"自己裡面有光明因素。所以，他們的理論是，人得救不需要根本的改變，只是要有一個思想轉變，從看不見自己裡邊有光明因素，到認識了自己裡邊有光明因素。這就是摩尼教的拯救論。他們認為：人得拯救也需要的外面的幫助，那只是通過"呼叫"就可以了，絕不是要得到新生命，而只需要對自己有個新認識，絕不是我們講的重生得救。所以，他們說耶穌從外面所作的幫助，只是作"呼叫"的信使，而不是作人的救主。
十字架寶血是神拯救的中心，"若不流血，罪就不得赦免了"（來９：２２）。否定主耶穌基督寶血救贖的功效，是摩尼教對神的救恩的最嚴重的扭曲。聖經上說："神從創立世界以前，在基督裡揀選了我們，使我們在祂面前成為聖潔，無有瑕疵；又因愛我們，就按自己旨意所喜悅的，預定我們借著耶穌基督得兒子的名分，使祂榮耀的恩典得著稱讚；這恩典是祂在愛子裡賜給我們的。我們藉這愛子的血，得蒙救贖，過犯得以赦免，乃是照祂豐富的恩典。"（弗１：４－７）
基督徒是神在創世以前已經被神揀選的，神因為愛我們，就叫我們這些罪人藉著神愛子的血得蒙救贖，得神兒子的名分。我們得救絕不是因為我們裡邊有什麼"光明的因素"，而完全出於神的愛和神所預定的旨意。主耶穌基督道成肉身來到世上，為救我們脫離罪流血捨命，我們有主耶穌基督的生命在我們裡邊，絕不是從"呼叫"中醒來，而是藉著聖靈的感動，使我們認識了我們的救主耶穌基督，我們靠主的寶血得救，就有了神賜給的新生命，新的本質，罪不能再轄制我們。
從以上分析，我們可以看出摩尼教運動和我們的根本分歧：
１，摩尼的神不是我們的神，不是聖經上的神；２，創造宇宙萬物的是我們獨一的真神，神所造的都是好的；魔鬼及世上的邪惡乃是背離神的結果；３，世人都是罪人，"一個義人也沒有"，世人裡邊沒有什麼"光明的因素"；人的罪也不是因為有身體造成的，人的罪是人對神的背離和人的貪心；４，萬物的結局不是光明和黑暗的混合，而魔鬼撒但黑暗勢力的最終滅亡，是在末日的審判中，魔鬼撒但最後要被扔進火湖裡去，耶穌基督要作萬王之王萬主之主，新天新地將要到來。歷代聖徒要身體得贖進入永生。