新疆地區的歷史是一部爭奪史。綜合而論，新疆的歷史首先是一部宗教史，然後才是民族史，最後才是政治史和軍事史。
當人們只是從表面看待新疆地區的複雜歷史現象時，除了驚奇，更多的是迷茫和失落。一切都似乎是偶然的，同時又是人類爭戰的必然結果，悲劇是其難以擺脫的主旋律。這是複雜而沒有意義的歷史，人們有理由這樣認為和結論。然而，對於基督教和那些曾經在新疆地區生存過的基督徒來說，答案卻是清楚的。在他們不同的視角中，是截然不同的另外一部歷史。
公元 5 世紀，被拜佔庭史學家稱為白匈奴的嚈噠人統治新疆的時候，景教就已經來到這裡。嚈噠人在擴張佔領波斯部分領土的時候，殺死了那位薩珊王朝保護景教的皇帝卑魯茲。盡管嚈噠人原先信奉火祆教，後來卻接受景教，以至於其統治者曾經派一名景教教士，前往景教在波斯的教廷，請求被按立成為嚈噠王國所有景教徒的主教。
公元 6 世紀，嚈噠國滅亡，新疆地區進入西突厥汗國時代，景教和火祆教繼續在這裡傳播。到了 8 世紀，突厥汗國境內出現了一次景教復興的局面，因為國王和臣民都放棄了傳統的 "偶像教"（即佛教）。景教的總主教提摩太就給突厥人任命了一位主教，並準備給佔領塔里木盆地的吐蕃人（西藏人）也派一名主教。這個時期，由於中國唐朝軍事勢力在新疆地區的存在，阻擋了伊斯蘭教軍事勢力的入侵，無意中為這個地區的佛教和景教提供了保護。
公元 9 世紀（840 年），蒙古草原上又發生了一次戰爭，回鶻（維吾爾）人戰敗向西逃亡，佔領新疆地區，定都高昌。他們從漠北草原上帶來了摩尼教和景教，並與新疆本地的景教聯合，同時也可能受到佛教的一些影響。這個時期，新疆地區帕米爾高原以西的地區，正面對伊斯蘭教勢力的武力宣教擴張，因此，中亞地區靠近新疆的一些景教徒，也遷移到塔裡木盆地的綠洲上，特別是高昌。同時，新疆西北部的突厥葛邏祿汗國，仍然在伊犁河流域保持著景教的信仰﹔新疆南部仍然是佛教的勢力范圍。在成吉思汗之前，新疆北部阿爾泰山和西蒙古地區的乃蠻汗國，已經成為一個虔誠的景教國度，連同新疆西面的葛邏祿汗國和蒙古草原中部最強大的克烈景教汗國，構成蒙古草原歷史中最強大的景教文明勢力范圍。
公元 910—1006 年，皈依伊斯蘭教的以南疆喀什噶爾—撒馬爾罕為中心的西回鶻喀喇汗國，在新疆南部地區武力推行伊斯蘭教，佛教幾乎被鏟除乾淨，景教也遭到重創和壓制。到了西遼時期（1130-1218 年），契丹人統治西域，實行宗教寬容，景教有了較大程度的復甦，喀什成為景教的第 19 教區，盡管伊斯蘭教仍然是那裡的主導宗教。西遼末期，國王屈出律的美麗妻子是一位基督徒，他似乎是為了愛情而改變了寬容政策，開始嚴厲打擊伊斯蘭教，重創了喀什和于闐（今和田）的伊斯蘭教勢力。
1218 年，成吉思汗擊敗西遼，殺死屈出律，將整個新疆地區收入帝國版圖。蒙古帝國時期，景教進一步發展，並出現這個地區歷史中最為繁榮的局面。當中國的著名道長丘處機受成吉思汗之召，歷經兩年，於 1222 年 5 月在阿富汗朝見成吉思汗，在路上接待和陪同他的是帝國的宰相、克烈汗國出生的景教徒鎮海，沿途有景教徒出來迎接他們。由於蒙古帝國對俄羅斯和東歐的軍事威脅，羅馬教廷派出宣教士出使蒙古汗庭，意外地見到 700 多年前，在以弗所會議被他們成功定為異端並流放的涅斯多留的追隨者們，他們的死對頭--景教徒，正等著他們的到來。景教此時已經是蒙古帝國皇室的信仰和宗教，大汗和皇家成員在景教堂裡參加禮拜。於是，蒙古帝國中這些景教的神甫們，看到昔日威風凜凜的對手，如今卻謙卑地來到他們的勢力范圍內，商求和平。
突厥人和蒙古人中一些著名的基督徒人物，影響、參與並改變了蒙古人的歷史、亞洲的歷史，甚至是世界歷史。他們當中，有三朝宰相鎮海﹔貴由可汗的教師合達和主要的大臣（貴由還擔負起保護包括亞美尼亞人在內的東方基督徒的責任）﹔第三任大汗蒙哥的宰相孛魯合（克烈部的）﹔成吉思汗的幼子老四托雷的妻子，原克烈部的公主唆魯忽帖尼﹔拖雷的長子蒙哥的小弟弟阿里布哥﹔成吉思汗長子的兒子拔都、汗室的元老、俄羅斯人眼中 "殘暴的征服者"，他的兒子撒爾塔是一位虔誠的基督徒﹔還有維吾爾族景教徒修道士和神學家 馬考斯和巴•掃馬。除了這些大人物之外，還有許多景教徒小人物，默默扮演著幾兩銀子的角色。例如，法國宣教士魯卜魯克的威廉出使蒙古帝國時，那位景教徒翻譯，以及他所見到的蒙哥的那些不知名的景教徒妃子們，還有帝國軍隊中的許多景教徒士兵和軍官。總之，由於帝國皇室的影響，景教在蒙古人和突厥人當中發展迅速。
在上述的這些景教徒人物中，歷史無法忘記那位克烈汗國的景教徒公主唆魯忽帖尼，成吉思汗的小兒子拖雷的妻子。正如基督教歷史中許多偉大的女性那樣，這位公主所扮演的基督徒妻子和母親的角色，在亞洲的歷史中至今無人能與之相比。她以堅強的基督徒信仰、敏銳的眼光，過人的智慧和政治頭腦，以及令人驚訝的遠見卓識，將四個兒子都推上汗王的寶座：長子蒙哥成為帝國的大汗，次子忽必烈成為帝國中國區的元朝皇帝，三子旭烈兀成為帝國波斯區的伊利可汗，幼子阿里不哥是看守蒙古帝國草原故土的汗王。旭烈兀的妻子和他的首席大將軍都是虔誠的景教徒，他們在行軍中抬著教會的帳幕。當時，在巴格達的景教總部，受到他們的大力關照和支持。
維吾爾族景教修道士 馬考斯和巴•掃馬 在歷史中的出現，標志著景教在突厥人尤其是維吾爾族當中達到的高潮。兩位景教的修道士和神學家，於 1278 年受到忽必烈皇帝的差遣，沿絲綢之路西行，前往耶路撒冷朝聖。到巴格達後，年僅 36 歲的馬考斯於 1281 年被任命為景教歷史中的大主教（相當於教皇），期間借助蒙古帝國的背景，景教勢力到達歷史中的最高點。這個時候，已經拿下埃及並對伊斯蘭教世界構成重大威脅的阿魯渾汗王，希望聯合西方基督教世界，東西夾擊敘利亞，收覆耶路撒冷。於是，他任命已經成為主教的掃馬為大使，出訪歐洲諸國並會見教皇的大使。在羅馬教廷中，掃馬以精湛的神學知識和雄辯的口才，令眾紅衣主教折服﹔掃馬還參見了英、法國王，和羅馬教皇尼古拉四世。
1759 年 7 月（乾隆二十四年），當滿清中國佔領新疆的時候，除了林立的清真寺，已經看不到任何其它宗教的影子了。
1876 年，英國宣教士來到新疆北部﹔1886年，荷蘭和波蘭天主教的兩位神甫來到喀什噶爾宣教﹔1892 年，瑞典的宣教士們豪吉爾等人和那位土耳其的基督徒 約翰•阿維塔瑞尼安，來到新疆南部。他們在上帝的呼召和聖靈的帶領下，懷著對耶穌基督的耿耿忠心，繼續著這項上帝國度裡 "已然而未竟" 的事業。
經過整整 50 年的艱苦勤奮的工作，喀什噶爾、莎車、和田（古于闐）等地，已經有幾百位維吾爾為主的突厥基督徒，並湧現出維吾爾族基督徒 阿里•阿康德 那樣有影響力的布道家。這裡有宣教時間最長的瑞典人 約翰•陶恩奎斯特 先生，還有深受孤兒院女孩們喜愛的安德森小姐。瑞典宣教士們所辦的孤兒院、學校，成為當地的教育和基督教信仰的文化泉源。新疆北部以烏魯木齊為中心的教會也建立起來，英國人航特（胡敬潔）和馬瑟（馬爾昌）創立了教會，英國的三位女傑帶領眾多的女性加入教會，當時許多民族都來參加禮拜，人數最多達 300 人左右，盡管真正的信徒人數很少。
1933 年，回族和維吾爾族穆斯林的聖戰革命，無疑打亂了宣教士們的計劃，破壞了宣教大好局面，宣教的纍纍碩果被無情毀滅。在南疆，幾百位維吾爾突厥基督徒被維吾爾聖戰軍隊屠殺，孤兒院的女孩被凌辱，男孩被殺死或關進監獄折磨致死。1933 年 5 月，在北疆的烏魯木齊保衛戰中，馬爾昌和巴富羲因為救助傷員，感染傷寒相繼離世。1938 年，第二波迫害臨到新建的教會，所有的西方宣教士都被親蘇親共的盛世才新疆政府驅逐出境。許多維吾爾族和漢族基督徒被盛世才政府處死，或關在監獄裡折磨致死。在他們當中，這些殉道士的名字不會被忘記：布道家 阿里•阿康德，男孩之家的亞伯（原名穆罕默德），亞伯的朋友 哈桑•阿康德，還有漢族學校的校長劉老師。
這兩次相隔 5 年的迫害，徹底摧毀了西方宣教士的宣教成果。西方宣教士在新疆所奏響的現代宣教樂章突然休止了，帶著深深的遺憾、迷茫和創傷，但其歷史性傳奇卻沒有消失。正如主耶穌基督評價那位伯大尼村的女子："她在我身上做的是一件美事。"
1940 年代末，在聖靈的呼召和帶領下，漢族教會和基督徒開始繼續同一個宣教使命。那位被上帝清楚帶領到甘肅省張掖宣教的高醫生，建立了教會，接待了後來前往新疆向突厥人宣教的宣教團隊和宣教士們，盡管他本人並不知道，張掖在古代曾經是甘州維吾爾人的大本營和西夏印歐人曾經佔領過的地方。接下來，來自雲南的李開煥牧師和妻子翟明霞，響應上帝的呼召，來到迪化（烏魯木齊）建立了 "新疆中華基督教會"。隨後，來自山東省濰縣靈修院的 "西北靈工團" 和陝西省鳳翔縣西北聖經學院的 "遍傳福音團"，都在聖靈的清晰帶領下，響應上帝 "將福音傳回耶路撒冷" 的呼召，歷盡千辛萬苦，相繼抵達新疆，並分散各地，建立教會，傳播基督教。在這次意義深遠的漢族教會的宣教壯舉中，漢族的女性宣教士們扮演了先鋒的角色。
在教會建立後不久，宣教工作剛剛展開，共產主義漢族政府的殘酷逼迫來臨。許多宣教士被逮捕坐牢﹔張古泉牧師在獄中殉道，死因至今是個謎﹔趙西門在監獄裡度過 30 個春秋，他的妻子文沐靈在獄中殉道﹔還有許多例子。正如那些瑞典宣教士們難以理解 "上帝奇怪的安排"，這些漢族宣教士們也感到困惑沮喪。然而，又一個 50 年過去了，雖然這些漢族宣教士們在突厥人當中的宣教工作見效甚微，漢族教會卻發展壯大，並終於在這個古老的西域扎根下來。自契丹西遼和蒙古帝國時代以來，這是基督教又一次在這個地區的繁榮。這一次的繁榮，如同蒙古帝國時代，是在強勢民族中的傳播，勢必對以維吾爾族為首的突厥人產生影響。如今，作為伊斯蘭教，仍然是這個地區的主體宗教，枝繁葉茂，根深蒂固。
談到新疆教會過去 60 年的天路歷程，烏魯木齊市基督教會明德路堂（前新疆中華基督教會）的牧師范晨光女士，總結說："這是一個神跡，很大的神跡。"